位于扬州市古运河与仪扬河交汇处的三汉河口西。是清代扬州八大名利之一，与镇江金山寺、常州天宁寺、宁波天童寺合称为我国江南佛教四大丛林。
相传始建于隋代，清顺治年间由漕运总督吴惟华复建，并筑天中塔。康熙四十二年(1703年)，康熙帝曾临寺登塔，赐金佛一尊在寺内供奉。后来江宁织造曹寅主持在寺西修建行官，康熙两次南巡均在此驻跸。寺内除大山门、大殿、禅堂外，还建有无梁殿、金佛殿、御书楼、御牌坊等建筑。清道光以后，高昱寺逐渐衰败。咸丰年间寺和行宫均遭火焚。现在寺已修复，并建八角形九层塔，高72米，成为一处新的名胜景点，被国务院列为全国一级重点保护寺院。这里宫殿重叠，碑亭林立，是一座幽静的皇家花园。