《复旦大学章程》相当于复旦“宪章”，以限制复旦大学校长和其他行政管理者的权力。复旦章程旨在“分权”，复旦有一项重大的改革就是学校领导和部处负责人退出复旦大学学术委员会、复旦大学教学指导委员会，形成了行政权力和学术权力的有效隔离，并设计了专门的会议制度和“召见-问责”制度。校学术委员会和教学指导委员会可以就他们认为重要的问题，单独召开会议，形成独立决议。这些意见将是学校领导执行学术决策的依据，还可以召见校领导，进行问询，甚至是问责。复旦大学是教育部大学内部结构治理的试点高校，依法治校、民主办学成为复旦的新探索。
复旦大学将设立本科生院，复旦在通识教育方面也将有大胆的试验，将成立本科生院，并把教务处、招生处、学生处以及书院等部门合并进行统一管理，以保证学校资源的合理配置，同时设立本科生培养委员会，让有很高道德修养的导师进入书院辅导学生。校长杨玉良表示，“校长的权力不能无边。”