清正规军为八旗兵和绿营兵，后者为驻地方各重要关隘主力军，多由降清明军及新招汉人编成，分马、步、守兵。营为基本建制单位，营上有协，协上有镇。清顺治七年(1650年)设立福宁协，配副将1员驻福宁，辖水陆镇标2营，分防各汛，有游击、守备、千总、把总等将领7名，标兵1800人。顺治十五年(1658年)升福宁协为福宁总镇，设镇守福宁水陆总兵1员，驻城东(今霞浦县东街152号)，下辖镇标中、左、右3营。

中营驻防府城，分防府境各汛，设中军游击、守备各1员，千总2员、把总4员、马战兵156人、步战兵241人、守兵449人，计846人，后增为855人。分防各汛兵力：驻防福宁府城，有中军游击、守备各1员，兵402人；分防大金堡，兼辖府前岭、沙塘寨、渔洋、高罗岭、积石堡、闾峡、沙洽等塘汛，有把总1员、兵72人；分防松山港口，兼辖赤岸桥寨、罡溪、路口、杯溪、栖胜、柘洋、后墩等塘汛和渔井炮台，有把总1员、兵86人；分防三沙堡炮台，兼辖青浩寨、小浩岭、古洋寨、观石、小马寨、石贝、二铺、暗桥等塘汛，有把总1员、兵117人；分防下浒堡，兼辖罗浮、延亭、小柘洋等塘汛，有把总1员，兵52人；另拨守内港哨船2只、兵40人，派防寿宁县各塘汛战守兵41名。

左营驻福安县城。设游击1员、守备1员(乾隆二十二年改驻府城)，马、步、守兵共855名，分防各汛，其中拨防清海关、化蛟塘、合掌岭、大梅塘、松罗塘、柳溪塘等兵30名；拨防白莲塘、穆洋塘、青草渡、牛岭尾、车岭塘等兵20名；闽坑岭塘汛兵5名(雍正十一年新设)；分防白石司炮台，兼辖白石司、大梨岭、衡洋塘、南浦塘、洋尾塘、岭头塘、坂头塘、猴垅塘、大留塘、曾板塘等汛，有千总1员、兵180名；拨防白沙塘兵11名(雍正十三年设)；拨防内港哨船1只、兵20名；分防岭头寨，兼辖大仓塘、社口塘汛等，把总1员、兵30名；分防盐田堡，兼辖盐田、官岭、前郎、杞湾、下邳、梅洋、湾坞墩、马头等塘汛，设把总1员，兵80名；分防寿宁县各塘汛千总1员、外委千总1员、兵122名。贴防府城兵281名。嘉庆七年(1802年)移驻霞浦三沙，改为水师左营。

右营驻防宁德县城，顺治十五年(1658年)置。设游击1员，守备1员(乾隆二十二年改驻府城)、千总2员、把总4员、马步战守兵855名。其中拨防黄土岩，兼辖马鞍山寨、洋尾寨、蚶崎塘、大?塘等汛，把总1员、兵80名；分防漳湾寨，兼辖蓝田塘、港尾塘等汛，千总1员、兵40名；派拨内港哨船2只、兵40名；分防东墙寨，兼辖六都后拢塘、东山铺、大桥塘、邸塘、白鹤塘、界首塘等汛，把总1员、兵60名；分防河西寨，兼辖铜镜塘、闽坑塘、牛岭塘、周墩(今周宁县城关)塘、晡兜塘、麻岭塘、霍童塘、咸村(今周宁县咸村镇)塘、外渺塘、下荐塘、楼坪塘、秋坪塘、汤洋塘等汛，把总1员、兵125名；贴防府城兵242名。

桐山营　康熙八年(1669年)，总镇吴万福抽调省内八府部分官兵驻防桐山(今福鼎县城)，次年设桐山营，兼辖建宁枫岭营(今属建瓯县)，雍正十二年(1734年)枫岭营改隶建宁镇，桐山营增辖连江、罗源营。该营设游击1员、守备1员、千总2员、把总4员、马步战守兵759名。其中分防沙埕汛炮台，兼辖虎头鼻、流江塘、前岐塘、东山嘴塘、岩坑塘、大岗塘、三叉河塘等，千总1员、兵71名；分防分水关，兼辖战坪洋塘、贯岭塘、马山头塘、岩前塘、王孙塘、店头镇、倪家地塘、白琳塘、金刚墩塘、五蒲岭塘、三十六湾塘、蒋洋塘、杜家塘、龙亭寨、钱大王墩、八尺门墩等塘汛，千总1员、兵134名；分防牙城堡，兼辖杨家溪、丰岭墩、乌歧渡等塘汛，把总1员、兵67名；分防南镇炮台，兼辖潋城塘、白鹭塘、店下塘、黄崎塘、三佛塘、周仓岭塘、后岐塘、六都亭、峡门塘、下尾塘等，把总1员、兵107名；派拨内港哨船1只；分防天竹寨，兼辖南溪塘、叠石塘、沈青塘、金沙溪塘、乌石门塘、管洋塘等，把总1员、兵68名；另贴防府城兵40名。

此外，顺治年间(1644～1661年)有抚标游击1员、兵300名驻古田，康熙元年(1662年)改调福州城守协左营游击1员驻防，其中古田县城设千总1员、有守兵150名，水口设把总1员、兵50名，黄田设把总1员、兵50名。

清雍正十三年(1735年)，屏南自古田析出设县后，县城双溪驻有经制把总1员，步、守兵83名，外委把总2员分驻岭头、甘棠2塘汛，驻兵70多名。