福建师范大学音乐研究所为福建师范大学下属的依学科性质分类设立的研究机构。福建师范大学音乐研究所成立于1994年6月，首任所长为博士生导师、教授郑锦扬博士。研究所下设中国音乐史研究室、民族音乐研究室、音乐教育研究室、音乐表演研究室等。 近十年来，福建师范大学音乐研究所作为福建师范大学音乐学专业博士点、艺术学专业硕士点、国家体育与艺术人才培养培训基地等学术与教育机构的申报和组成单位参与了福建师范大学音乐学学科、艺术学学科的学术建设、学科建设和本科生、硕士生、博士生教育工作。