1949年9月18日，由从南下工作队、华东党校、第十兵团教导队、第二十八军、第三十一军等部抽调的280余人，在闽侯县螺洲镇成立福建军区第四军分区。司令员黄永山、政治委员郝可铭(中共福建第四地委书记兼)。机关设司令部、政治部、供给处、卫生处。军分区接管中共闽中地委领导下的闽清、永泰、福清、长乐等县游击队946人，和中共闽浙赣省委城工部领导下的林白、江枫、杨华部队1000余人，以此为基础组建军分区独立团、特务营和8个县县大队。此外，还接管一些游杂部队，除少数编入特务营外，大部解除武装遣散。

1950年9月，按照福建军区颁发的地方武装编制草案，分区机关、直属队、警备团和8个县大队，共计3871人。第四军分区在福建军区和中共福建第四地委的双重领导下，担负剿匪、内卫治安、巩固地方政权、组建与训练民兵、动员参军等任务，沿海的地方武装与民兵配合野战军执行海防、战备的任务。

注：

1.1950年6月，供给处与卫生处合并为后勤处，下设5个股(即原两处所属的股)。

2.1950年7月，特务1营改编为直属司令部的警通连。1951年3月底，直属队有警卫连、侦通连、海防队等单位。