民国2年7月，大总统任命黄培松为福建护军使。10月，裁撤护军使一职。10月29日，海军总长兼南洋巡阅使刘冠雄率北洋军第四师第七旅(旅长李厚基)由海道抵福州。

11月29日，袁世凯任命李厚基为福建镇守使，授陆军中将。设镇守使署于前清福州将军衙门(今省立医院址)。参谋长贾文祥(后张哲培)。设参谋、秘书、副官三处，军务、军需、军法三课。民国3年7月18日，袁世凯任命李厚基为福建护军使督理福建军务，加陆军上将衔。护军使署所在地及机构编制均同镇守使署，共有职官89人，另有弁兵48人。民国5年3月21日，袁世凯特任李厚基为建武将军督理福建军务。建武将军行署有职员52人，差弁与夫役76人。7月6日，北京段祺瑞政府改各省将军为督军。李遂任福建督军，实授陆军上将，将军行署改督军公署，编制和人事安排基本不变。民国11年8月，北伐军代表胡汉民与驻闽北陆军第二十四混成旅旅长王永泉达成共同进攻福州驱逐李厚基的协定。10月12日李兵败，在日本领事保护下离开福州。11月3日，在国民党主持下，福州公推王永泉为福建总司令。李厚基为北京政府委为讨逆总司令返闽作战。12月，李兵败逃入江西转天津。