微生物发酵法是将血液拌入孔性载体如麸皮、米糠等，接种蛋白分解菌(如霉菌、酵母菌)，经过一系列酶促反应，将畜禽血蛋白降解为肽、短肽和氨基酸；也可利用某种特定的细菌发酵，这种细菌分泌的酶能破坏血细胞壁，使得有效养分释放出来或者被细菌利用重组新的菌体蛋白。

其工艺流程为，鲜血拌入孔性载体接入菌种一次发酵二次发酵干燥成品。动物血经微生物发酵后，游离氨基酸总量比未经发酵的血粉增加14.9倍，而且还增加了蛋氨酸、色氨酸等必需氨基酸；另外，发酵血粉不再具有血腥味，而具有浓厚的曲香味，适口性较好，经对试猪采食速度和采食量观测，采食速度提高1倍，采食量提高4.7%，此外，血液经过高温发酵，也清除了潜在病原菌的危害，并且产品具有丰富的维生素及促生长因子，可以促进动物生长，增强抗病能力。

目前发酵血粉仍存在消化率低、氨基酸平衡性差等问题，所以，在菌种选择和辅料配方上尚需做进一步研究和探讨。