鄂尔多斯市国家税务局是全市主管国家税收工作的行政管理机关，于1994年国、地税机构分设后正式成立。鄂尔多斯国税实行垂直管理的组织体系，主要负责增值税、消费税、中央企业所得税等中央税和中央、地方共享税的征收管理工作。全市国税系统共有税干800多名，管辖纳税人三万多户。市局下设11个征收局，一个税务稽查局。市局机关内设15个科室（办公室、人事教育科、机关党委办公室、流转税管理科、所得税管理科、政策法规科、票证中心、计划统计科、财务管理科、信息中心、征收管理科、监察室、后勤服务中心、培训中心、车辆购置税办税厅）。