多聚蛋白切割加工（polyprotein cleavage）是指有些病毒的RNA翻译时，最先合成一个分子质量很大的前体蛋白质，然后由专一的蛋白酶加工裂解，产生多种成熟的蛋白质，如豇豆花叶病毒属、线虫传多面体病毒属、芜菁黄花叶病毒属和马铃薯Y病毒科的病毒均采用多聚蛋白切割加工策略。如果说通过亚基因化使病毒实现了由多顺反子向单顺反子的转化，那么相反，翻译后酶加工使一个单顺反子RNA最终给出一系列成熟的功能各异的蛋白。除了芜菁黄花叶病毒（TYMV）外，采用翻译后酶加工的病毒5'端均为VPg，3'端为Poly（A）。