闽县琅岐镇下岐村人。曾担任船政绘事院(画院)测算、设计工作。清光绪二年(1876年)，随沈葆桢调任江南算学局教习。任上向都察院呈《富国强兵条陈要略》，提出：“见时事艰难，丞思报效，拟制气行轮船，无须用火，即能行驶”。据称，“气行轮船，形如浑沌，上盖下底似蛋壳，中空，旁开炮眼，子落圆穹之背，即坠水中，近于敌船即洞其腹”。毓琦是清朝洋务派中一位有科学理论的知识分子。着有《星算补遗》、《笠写壶金交食》、《南东筹备初梯》、《髀矩测营》、《九环西解》等行世。