全市境内拥有航道82条，可通航里程798公里。主要航道有东江干流、东莞水道、太平水道、麻涌水道、中堂水道、倒运海水道、大汾北水道和寒溪水水道。其中东莞水道1993年由7级航道改造为4级航道，可通航500吨级以下船舶。拥有河口海岸线53公里，万吨级轮船可沿珠江口狮子洋水道进入虎门、沙田、麻涌三镇。