凋亡复合体（apoptosome）凋亡分子Apaf-1与细胞色素c形成的复合体，相对分子质量为（700～1 400）×10^3，细胞质中Caspase-9的前体被招募到复合体上并发生自身切割活化，引起细胞凋亡。

当细胞受到内部或外部因素（如DNA损伤、紫外线灯等）刺激时，细胞内线粒体外膜通透性发生变化，向细胞质中释放多种与凋亡有关的因子，其中最“著名”的是细胞色素c。细胞色素c是线粒体电子传递链上的重要成员之一，在细胞呼吸作用中起传递电子作用。当细胞色素被释放到细胞质中时，与另一个凋亡因子Apaf-1结合。Apaf-1是线虫凋亡分子Ced4在哺乳动物细胞中的同源蛋白，相对分子质量为130×10^3，N端有Caspase-9募集结构域（CARD）。它与细胞色素c结合后，发生自身聚合，并进一步通过CARD招募细胞质中的Caspase-9酶原，形成一个很大的凋亡复合体。Caspase-9酶原在凋亡复合体中发生自身切割而活化，活化的Caspase-9再进一步激活Caspase-3和Caspase-7酶原，引起细胞凋亡。