第三军医大学图书馆前身为第六、第七军医大学图书馆。目前馆舍面积为1万平方米，阅览座位800个，2004年建成并投入使用。新馆采用大跨度（15 m×15 m）、大开间（近2,000m 2 ）、综合布线、充分体现人性关怀的现代化图书馆标准进行设计和施工，自然采光好，借阅环境优美。设有藏阅一体的书库兼阅览室3个，309座电子阅览室一个，密集书库一个，每周开放时间70.5小时。图书馆智能化综合布线现代化程度高，目前为1,000M主干，100M到桌面，通过对交换机房设备的简单升级，即可实现万兆级网络的升级。拥有大容量磁盘阵列等各类先进的现代化设备，馆内提供近1,000个上网接点，同时可以通过进行无线局域网方式访问图书馆网络资源。

经过长期的建设与发展，图书馆馆逐步建立起以生物医学资源为主，人文、社科、教育、军事、管理兼顾的信息资源体系。现有藏书52余万册(未含各附属医院图书馆藏书)，其中中文图书28万册，外文图书12万册，期刊合订本12万册。有印刷版中文期刊1，500余种，外文原版期刊500余种。有各类数据库30余个，电子期刊2万种，电子图书10万册。数字资源丰富，引进有Web of Science、ProQuest Digital Dissertations、ScienceDirect、Springer、LWW、OUP、Nature、ScienceOnline、Cell Press 、EMBASE、BIOSIS Previews、Medline、CBMdisc、中国知网的期刊及博硕士论文全文数据库、维普中文期刊全文数据库、超星数字图书馆、书生之家数字图书馆、网上报告厅等为代表的国内外重要数据库。

图书馆拥有一支高素质的专业技术队伍。现有文职干部8人，文职人员11人，职工8人。其中文职干部和文职人员全部接受过全日制的图书馆学、情报学和医学信息学本科以上学历教育。有副研究馆员2人，副教授3人。设有医学情报教学教研室，采编组，期刊组，技术组和办公室。图书馆业务工作实现了自动化。