第二船籍制度是指已经在其他国际注册的船仍然可以在另外一个国家注册，俗称“方便旗”。即不改变原有的传统船舶登记制度的前提下，通过采取优惠的船舶登记制度，并在税制方面提供类似方便旗队的优惠，吸引本国船舶特别是已经移籍到海外的本国船舶和外国船舶在本国注册的制度。按照惯例，第二船籍制度将为每艘船每年减税额度巨大。韩国济州岛特别船舶登记制度，使韩国船公司的每艘入籍船平均减税1万美元以上。