各种细胞中都有一种核酶内切酶，它附着在自发丢失了单个嘌呤或嘧啶的位点上，这个无嘌呤（apurinic）和无嘧啶（apyrimidinic）位点就叫做AP位点。AP内切酶是细胞所必需的，因为自发地脱嘌呤作用经常发生，这种酶可以通过剪切AP位点的上的磷酸二酯键使链断裂。这是起始切除-修复；进一步由3种酶：外切酶，DNA PolⅠ和连接酶进一步地进行修复。

由于AP内切酶修复途经的功效，它可能是其它修复途经最后的一步。这样如果损伤的碱基对能被切除的话，那么就留下一个AP位点，AP内切酶就能使野生型完全得到恢复。这就是糖基酶修复途径。