位于九华街入口处。初建于十六世纪中期、明代嘉靖年间，清代多次重修和增建。祗园本来是印度佛教圣地，相传释迦牟尼在祗园宣扬佛教二十馀年。祗园寺就是取这个故事而得名。祗园寺通道刻满金钱，以象征释迎圣迹。祗园寺是九华山最早的宫殿式寺庙，但整个建筑并非对称，而是曲曲折折。步入寺门是灵官殿，过一小庭院，一方形重檐殿堂是天王殿，从殿后小院上石阶十余步。便到大雄宝殿。大雄宝殿殿内宝气凝聚，煜然炫灿。从大殿对面的回廊前进，有法堂、斋堂、方丈寮、衣钵寮、大寮、小寮，楼下有禅堂、新戒堂等殿堂。寺内有铜质大锅一口，名“千僧锅”。1933年开办“五百罗汉期”的授戒法会，就用它煮饭，供应千人的斋饭，由此可见祗园寺规模之大。祗园寺东侧是藏经楼、上客堂。藏经楼内珍藏稀珍经书。其中《龙藏》，又名《清藏》，全称《乾隆版大藏经》，完成于乾隆三年（公元1738年），是清代唯一的官刻汉文大藏经，全藏共收经1669部，7168卷。