随着昌吉学院2001年5月经国家教育部批准正式成立，原昌吉师专和昌吉教院编制撤消，工会委员会任届期满，经学院党委研究，决定在2003年3月召开昌吉学院第一届教（职）工代表大会，选举产生昌吉学院新一届工会委员会委员、经费审查委员会委员、女职工委员会委员等。

第一届工会委员会由9位同志组成，马登杰任本届工会主席，李学仁、王力江任副主席。自昌吉学院第一届教代会、工代会召开后，全院所有基层工会也都进行了换届选举，建立了二级教代会制度。

2008年4月，召开昌吉学院第二届教代会、工代会，选举产生了我院第二届工会委员会委员。第二届工会委员会由23人组成，马登杰任本届工会主席，武凯（常务）、孟学智为副主席；选举产生了女职工委员会委员，郎眉宁被选为女工委主任；吴晓林、张晋莉为副主任，届时成立了院务公开领导小组、教学改革委员会、生活福利委员会、评议监督委员会、提案工作委员会、工会经费审查委员会、劳动争议调解委员会等机构。

由于工作变动和人员调整，2011年3月召开的昌吉学院第二届第三次教代会工代会重新补选了新的工会委员会成员。阿里木任常务副主席，骆志芬任女工委主任。工会委员会由马登杰、阿里木、孟学智、焦万侠、陈光友、刘瑞强、姚文、李文、王天松、高琳、孙杰、巴合提、袁春、祁再生、崔基程、吴晓林、赵彦忠、徐兰英、周维、王忠、宋少娴等21人。

院工会在院党委直接领导和上级工会的指导下，在学院行政的大力支持和有关部门的密切配合下，认真履行教育工会“维护、建设、参与、教育”四项社会职能，独立自主地开展工作，较好地发挥院校党委联系群众的桥梁纽带作用，工会在保障教职工的合法权益，为职工谋福利，宣传贯彻党和国家的方针、政策，开展文化娱乐、体育健身活动，协助学院党委开展群众性工作，发挥了积极推动作用，历年多次受到上级工会的肯定和表彰。

截止目前，我院有在编教职工631人，共18个基层工会，其中女教职工295人。