滨州市人民检察院下辖滨城、惠民、阳信、无棣、沾化、博兴、邹平等7个县（市、区）检察院，市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、职务犯罪大要案侦查指挥中心办公室、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处、行政装备处、监察处、机关党委、人民监督员办公室、信息管理办公室等19个内设机构。目前，市院共有编制123个，实有120人。

近年来，该院紧紧围绕“强化法律监督，维护公平正义”的检察工作主题，认真落实省检察院的重大工作部署，自觉把检察工作融入滨州市改革发展稳定的大局中来谋划和推进，深入分析、研究和解决制约检察事业创新发展的突出问题和困难，解放思想，更新观念，坚定信心，攻坚克难，真抓实干，探索出独具特色的科学发展之路，推动检察工作年年上新台阶、年年有新突破，为促进司法公正、维护社会稳定、服务经济发展作出了积极贡献。近年来，该院先后有181个集体和298名（次）个人受到最高人民检察院、山东省委、省检察院和滨州市委表彰。滨州市院先后荣获“全国文明接待室”、 “全国检察机关计财装备先进集体”、“省级文明机关”、“全省公正执法先进单位”、“全省交通基础设施建设暨预防职务犯罪先进单位”等称号，连续五年被评为“全市廉洁勤政效能效率先进单位”、“人民满意政法单位”。所辖基层院中，博兴县检察院当选第二届“全省十佳基层检察院”，滨城区检察院被表彰为第三届“全国先进基层检察院”和“全省先进基层检察院”，无棣县检察院被表彰为“全省先进基层检察院”。