北京大学理论生物学中心（Center for Theoretical Biology at Peking University）是在李政道先生提议下、在北京大学有关领导的倡导和大力支持下组建的，目的是利用北京大学的多学科优势，集中数学、物理、化学、力学、生物及计算机科学的研究力量，从实验与理论两个方向开展关于生物学交叉的理论生物学与系统生物学研究工作。中心于1999年开始筹建，2001年9月17日正式成立。在自愿结合的基础上，集中了北京大学校内数学、物理、化学、生物、力学及信息科学的一批志同道合的优秀科学家，以及国内其它单位及海外的杰出科学家，形成了一个理论生物学研究的交叉学科研究群体。理论生物学中心目前以北京大学老化学楼东配楼三层为活动基地，拥有常住人员办公室、访问学者办公室、学术交流会议室、研究生工作室、计算机集群系统及其它实验设备。

理论生物学中心以北京现代物理中心为主要活动基地，拥有学生与常住人员办公室、访问学者办公室、实验室、学术交流会议室等。中心的成员包括国内及国外两部份。国内成员以北京大学校内从事理论与系统生物学研究的有关课题组（分属物理学院、数学学院、工学院、化学学院、生命科学院等）为主，聘请其它高校及中国科学院各研究所的专家为客座人员。国外成员包括相关领域杰出的华人科学家。 理论生物学中心的主要宗旨与任务是推动多学科交叉的生物学研究，促进海内外科学家的交流与合作，为留学人员回国访问及短期工作提供基地，组织理论与系统生物学方面的跨学科研究，培养研究生及博士后，定期举办国际学术会议，成为国际化的理论与系统生物学研究中心。中心现有教授9人，长江特聘教授2人，讲座教授4人，特聘研究员2人，副教授5人，博士后2人，博士生27人，硕士生20人，本科生7人 。

理论生物学中心的主要目标是发展以多学科交叉性、定量性、综合性、可预测性、精确性为特点的定量生物学，特别强调发展科学假设驱动下的理论生物学。中心大力推动多学科交叉的生物学研究，促进海外科学家与中国科学家的交流与合作，邀请在相关研究方面做出重要成绩的海外留学人员到北京大学短期工作或访问，定期举办国际学术会议，培养理论生物学方面的研究生及博士后，组织联合申报国家项目。中心成立以来牵头申报了973、863、自然科学基金委员会重大项目等多项国家课题，是973交叉学科项目—“基因功能预测的生物信息学理论与应用”课题的主持单位。

自2001年底成立以来，理论生物学中心在生物网络动力学、生物分子进化、基因调控、蛋白质作用机制及药物分子设计等方面取得系列进展。已发表有中心署名的文章50篇，包括PNAS, PRL, NAR, JBC, Bioinformatics等国际著名期刊。成为有一定国际影响的理论与计算生物学研究中心。2005年11月理论生物学中心与加州大学加州定量生物医学研究所签定了合作建立联合研究中心的协议。加州大学的加州定量生物医学研究所及其总部所在地加州大学旧金山分校是世界一流的生物和医学研究机构。两个单位之间的合作已有一定的基础，通过协议的签署，希望能将双方的合作带到一个新的水平，从而进一步加强双方的合作，发挥北京大学与加州大学旧金山分校的优势，共同促进定量生物医学交叉学科的发展。该联合中心将促进双方工作人员及研究生的交换，共同举办国际会议，促进交流与合作，并共同在中国及美国申请国际交流与合作研究项目。

理论生物学中心每周安排一次定期的学术活动，并不定期邀请国内外学者前来做报告。自2002年至今，中心已邀请到国外50多名学者到中心进行交流访问，并举办相应的学术报告活动。同时，中心每年在夏季召开理论生物学及生物信息学方面的国际会议或暑期班。2000年及2001年的研讨会以交流与理论生物学有关的最新进展为主，自2002年开始我们计划每年选择一个特定的课题，有目的地邀请国际上相关方向的知名专家，举办代表国际学术研究前沿、有针对性的、深入探讨科学问题的研讨会。2002年的会议议题为“生物分子进化”，邀请到17位从事生物分子进化理论及实验研究的国内外著名学者参加会议并做报告，2004年召开了“国际生物网络研讨会”，本会议以邀请报告为主，注重有深度的讨论和交流。2004年与中国科学院交叉学科理论研究中心联合举办了“蛋白质折叠、功能与动力学暑期学校”和“蛋白质折叠、功能与动力学国际研讨会”。同时中心还会适时举行中心内部的学术交流活动。有助于加强各学科背景人员之间的沟通，为实现各学科之间的交叉和融合提供了有利支持。