1950年7月，由荷兰提议，瑞士、法国、卢森堡和德国等参与，在瑞士巴塞尔成立了旨在全面处理莱茵河流域保护问题并寻求解决方案的“保护莱茵河国际委员会”（ICPR）。
委员会下设一个常设机构——秘书处，设在德国科布伦茨市，负责日常工作，另外还设有由政府间组织（如河流委员会、航运委员会等）和非政府间组织（如自然保护和环境保护组织、饮用水公司、化学企业、食品企业等）组成的观察员小组，监督各国工作计划的实施。
委员会下设许多技术和专业协调工作组，如水质工作组、生态工作组、排放标准工作组、防洪工作组、可持续发展规划工作组等。