北京核磁共振中心是由国家科技部、教育部、中国科学院和总后卫生部共同投资，依托于北京大学建立的国家公用大型仪器设备开放实验室。1999年10月11日，四方签订了共建协议，开始筹备工作。2002年11月4日，经科技部、教育部批准正式成立。中心目前拥有三台液相核磁共振谱仪，其中有我国首台高场高分辨率800MHz核磁共振谱仪，另有600MHz核磁共振谱仪和配有高灵敏度低温探头的500MHz核磁共振谱仪。同时，中心还拥有解析生物大分子结构的专用计算机及相关软件，以及进行生物样品制备和同位素标记的生物学实验室及相应配套的仪器设备。

北京核磁共振中心定位于应用基础研究，将主要开展有关生物大分子的溶液结构与功能关系、生物大分子之间及其与小分子相互作用，生物大分子的主链和侧链的动力学性质，以及结构基因组学方面的研究，并兼顾其具有发展前景的研究和新的实验技术的研究。