巴基斯坦联邦调查局的起源可以追溯到1942年成立的特别警察局。当时，特别警察局隶属于印度国防部，其主要职责是调查军需品采购的贿赂和腐败犯罪活动。二战结束以后，政府认为特别警察局作为反腐机构有必要保留下来并继续发挥其作用。1947年6月，印巴根据《蒙巴顿方案》实行分治，同年8月14日，巴基斯坦宣布独立，并正式更名为巴基斯坦特别警察局。1948年，巴基斯坦国会第三号法令正式将特别警察局划入内政部。随之，国会颁布了国家保密法、护照法、民法，并将特别警察局的职责范围从军队扩展至所有的联邦政府部门，并规定经过各联邦政府的同意后，特别警察局可以在这些联邦政府部门开展各项打击腐败犯罪活动。

随着社会经济的发展，各种犯罪层出不穷，1972年时任特别警察局局长的莫罕默德先生向国会提交了一份报告，提议正式成立一个覆盖全国的联邦警察组织，负责调查各地区的走私案件、贪污贿赂案、绑架案等违法犯罪案。1972年4月国会正式通过了此项决议，将特别警察局更名为巴基斯坦联邦调查局，调查对象限于巴基斯坦政府认定的各种腐败犯罪活动。巴基斯坦联邦调查局下辖6个处，分别为综合犯罪处、技术处、犯罪记录处、分析研究处、法制处、后勤处。随着巴基斯坦经济建设的不断发展，各地相继也逐渐出现了新的政府部门，而这些工作人员自然处于联邦调查局的监管之下。

巴基斯坦联邦调查局的首任局长是 SH.D.P.Kohli,其任期为1969年2月～1974年2月。穆罕默德局长是一位具有长远眼光的局长，他对警察局实施了一系列的警务改革，并积极推动全国联邦调查机构的形成，为巴基斯坦联邦调查局的发展奠定了坚实的基础。

经过半个世纪的发展，巴基斯坦联邦调查局已从一个单纯的反腐败机构演变成为一个综合性的联邦警察执法机构，在巴基斯坦国内享有充分的调查和起诉的权力，联邦调查局在巴基斯坦享有很高的威望，深得百姓、国会、司法机构和政府部门的信任。

巴基斯坦联邦调查局不是全国唯一的警察力量，除了联邦调查局之外，还有国家警察局、交通警察、省警察。上述警察机构之间没有上下级关系，只是联邦调查局隶属于中央政府，是唯一由宪法赋予职责的警察力量，主要负责出入境管制、走私犯罪、网络犯罪；支持国内外的警察机构及其他执法单位之间开展执法合作；打击国内、跨国有组织犯罪活动，职权范围更广，更加注重预防犯罪、有组织犯罪、高科技犯罪等。

巴基斯坦联邦调查局隶属于国家内政部，内政部通过一名局长对联邦调查局实施领导和管理，其行政级别为总警监级。巴基斯坦联邦调查局总部设在伊斯兰堡，总警监全权负责它的日常管理工作。现任巴基斯坦联邦调查局局长是塔里克·帕尔韦兹，同时还有3名副总警监和10名总警监助理监协助工作。3名副总警监分管行政、业务和后勤保障工作，10名总警监助理也有各自的分管工作，其中6名总警监助理分别负责行政管理处、犯罪分析处、出入境管理处、反走私处