巴基斯坦海军工程学院接受双重领导，在行政管理上受海军卡拉奇基地司令部领导，在课程设置和教学上受卡拉奇工程大学领导。学员毕业时，发给卡拉奇工程大学毕业证书。

巴基斯坦海军工程学院是巴基斯坦培训海军工程技术军官的学院，该学院任务是培养学士、硕士学位工程电器军官，对初级军官进行工程技术基础训练及对晋升的工程技术军官进行技术培训。

学院接受双重领导，行政管理受卡拉奇基地司令部领导，课程设置及教学受卡拉奇工程大学领导。该院开设学士学位、硕士学位、初级军官培训、短期进修四个班次。学制视培养目标而定，最长是硕士班，时间4年；最短为进修班，时间8～10个月。教员来自三方面，一是现役军官，二是合同聘请，三是临时聘请。学员学完规定课程后，发给卡拉奇工程大学毕业证书。