建于清道光二十八年(1848年)，地址在茶亭澳尾巷。初为福建代牧区驻福州办事处。光绪九年(1883年)至宣统三年(1911年)，为福建北境代牧区主教座堂，历任主教堂的主教有李宏治、苏玛索、宋金玲。当年西班牙籍主教宋金玲将主教座堂迁往泛船浦，该堂改为多明我会福州会长堂，历任会长有连马令、陈嘉奠、艾仁忠、吕良士、明元堂。民国21年(1932年)，多明我会迁往中选路崇真堂，改称为澳尾巷铎区本堂，有外籍神父胡良明、卢星辉。新中国成立后，有中国籍神父叶拱峰等。

澳尾巷天主堂是中西结合的结构，外观宏伟挺拔，且矗立着两座大钟楼，每日早6时、午12时、晚6时各鸣钟一次，钟声嘹亮，十里之外亦能闻之。堂内祭台顶端是仿古殿宇建筑，堂内能容纳1000名左右信徒过宗教生活。教会中重大庆典多在此堂举行，其中有神父江清华晋铎金庆纪念、多明我会在闽传教300年纪念、主教赵炳华祝圣大典，罗马教廷第二任驻华代表总主教蔡宁来闽视察举行大礼弥撒等，场面十分庄严。

“文化大革命”期间，教堂被福州市电镀厂占用，受到破坏。市电镀厂搬迁时又转手给福州儿童医院。1987年市人民政府决定把澳尾巷教堂产权归还教会，台江区文化局(1987)第23号《关于做好保护台江区文物点的紧急通知》，把澳尾巷天主堂作为重点文物加以保护。