敖汉旗疾控中心是2006年11月组建成立的科级全额事业单位，内设行政管理科、财务科、规划免疫科、流行病科、地方病科、公共卫生科、检验科、门诊部、高血压联盟9个科室。中心现有职工53人，其中有高级技术职称2人，中级职称6人，初级职称35人，本科学历10人，大专学历27人。

中心房屋建筑总面积2200㎡,其中检验室面积900㎡，占房屋总面积的40.91%，并于2007年3月获中国合格评定国家认可委员会国家实验室认可证书。有高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子荧光光度计、原子吸收分光光度计、半自动生化分析仪、酶标仪、电脑洗板机、大型彩超、300mAX光机及心电图机等先进大型仪器设备10余台件。

中心现肩负着全旗传染病、职业病、地方病及慢性病防制，职业、环境、食品及生活饮用水卫生检验检测、从业人员体检，突发公共卫生事件处理和技术支持的重任。中心全体职工在旗卫生局的领导下，本着团结、务实、创新、发展的工作精神，创建标准化疾控中心。