安徽农业大学办公室是学校党委和行政的综合协调部门和办事机构。主要负责协助校党政领导处理日常党务、政务和事务工作，协调督促学校有关工作落实；负责安排校党、政办公会议和有关全校性会议，以及会议记录和有关会务工作，检查督促会议决定事项的贯彻执行；负责起草学校工作计划、总结和有关报告、纪要、电函、通知等材料；负责学校的文电处理，信函报刊收发，印章管理和保密、信访工作；负责学校综合性决策的调研、咨询和有关信息收集、整理工作；负责学校综合性统计工作；负责学校对外联络、接待和有关服务工作。

校办公室现有工作人员13人。其中主任1人、副主任1人、秘书3人、机要员1人、驾驶员4人、收发员3人。