台湾阿里山慈云寺，本名阿里山寺。曾于2001年文建会《历史建筑百景》甄选活动中列名。根据该寺重要文物〈铜钟〉上面，第二任住持坪井朴龙撰写的〈钟铭〉，这样记载『大正四年春，默仙永平翁，杖锡登此山，爱说似鹫峰』。民国八年，阿里山初期开发之际，日本曹洞宗管长《管长:明治天皇为了管理宗教，诏令佛教各宗都要推选一人，由天皇册封为管长，作为该宗最高领导人。》日置默仙师，有感阿里山如印度的灵鹫山圣地，因而建造阿里山寺，为当时于此开发者之精神依靠，并送来由暹逻国(即今泰国)亲赠释迦牟尼佛一尊供奉于此寺，由日本比丘坪井仆龙于此住持佛法，并于大正十一年塑造一铜钟并建钟楼。

民国十四年重建整修，日人走后一度荒废，破旧不堪，无人管理。民国五十四年世界华僧大会时，与会诸师参访阿里山慈云寺，当时上伦下参老和尚，见本寺一片荒芜，无心再游，一心惦记本寺，甚为惋惜，故于民国五十六年，由林管处沈局长家铭，礼请上伦下参老和尚为住持，中兴修建。

该寺于民国叁十四年光复后改名为慈云寺，民国七十二年由上照下性法师继任住持，民国八十七年后由上照下智法师为现任住持。慈云寺为帮助癌症病患重拾健康，推广身心灵整体健康之理念，每年定期举辨净食营活动，以期国人健康，社会祥和，国泰民安。