等同于瑜伽行派的“分别自性缘起”，也称“自性缘起”说。“分别”，指一切法，即一切现象；“自性”，指出相，性相相通。自性就是人们认识上的个别现象，真理也包括在内。所谓自性缘起，就是形形色色的现象都有其不同的自相、观念，从而显示出彼此的区别。形成这种区别的重要原因是阿赖耶识含藏有一切现象的自性不同的种子，种子的自性不同，一切现象也就有了区别。据此自性缘起实质上就是阿赖耶识缘起。一切现象的种子都含藏在阿赖耶识中，由种子的变现而成森罗万象。

阿赖耶识种子依前七识熏力的熏发，即长期的观念、经验、习惯的熏习影响、作用，使种子生长，生起“现行”（显形行起），展现为宇宙万象。人们的经验认识遗留在阿赖耶识里成为种子，阿赖耶识种子又生起诸八识，这八种识如发生作用必于自识内变现种种影像。归根到底，阿赖耶识是一种万有的总根源、总依据。