明代时，藏传佛教格鲁派在藏族地区兴起，最主要的就是达赖喇嘛和班禅喇嘛这两只，而尤以达赖系统最为重要。

三世达赖喇嘛（索南嘉措[1543——1588年]，《明史》称锁南坚措，西藏堆龙人。为前任座主根敦嘉措的转世，这是格鲁派实行活佛转世制度的正式开端。）本是格鲁派的一个寺院的住持。明朝中央特别开例，答应了索南嘉措希望通贡的要求，准予他入贡。明万历十五年（1587年）封赐他以“尕儿只唱”（藏语的音译，意为“金刚持”）名号。这是达赖喇嘛最早接受中央的正式封号。