简单重复序列间扩增OSSR)是一种在简单重复序YU(SSR)基础上发展起来的新型的分子标记，由加拿大蒙特利尔大学的Zietkiewicz等(1994)提出。该技术以锚定的微卫星DNA为引物，在SSR序列的3’或5’端加锚2．4个随机核苷酸，在PCR反应中，锚定引物可以引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片断进行PCR扩增。所扩增的Inter．SSR区域的多个条带可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳或者琼脂糖凝胶电泳得以分辨(周延清，2005)。它结合7tL＆PD标记技术幂HSSR标记技术的优点，能够提供更多的基因组DNA信息。现己广泛应用于药用植物种质资源鉴定、进化与亲缘关系分析、遗传多样性与居群遗传结构检测、遗传作图、基因定位、分子标记辅助育种等方面的研究。

ISSR标记技术试验操作简单、快速、高效，不需要繁琐的构建基因文库、杂交和同位素显示等步骤；重复序列和锚定碱基的选择是随机的，无需知道任何靶标序列的SSR背景信息，从而降低了技术难度和实验成本；无需活材料，无组织器官特异性，能实现全基因组无编码取样：采用了较长的引物(17。24bp)，退火温度较高，因此，引物具有更强的专一性，增强了实验的可重复性。ISSR标记的缺点就是，在PCR扩增时需要一定时间摸索最适反应条件；呈显性遗传标记，不能区分显性纯合基因型和杂合基因型。