Holliday 交叉(Holliday Juncture/Junction)是以英国生物学家Robin Holliday的姓氏命名的一种发生在DNA分子之间的"交叉"(Crossing-Over)结构。1964年Robin Holliday推测，参与同源重组的DNA分子之间通过形成“交叉”作为"中间体"，并造成彼此之间的交换。后来这一推测得到证实，因此，同源重组DNA分子双方的交叉被定名为Holliday Juncture/Junction。Holliday交叉的形成是同源重组进行到第二个阶段的重要标志。整个过程是需要酶催化。在原核生物细胞中需要RecA和RuvAB等蛋白质的催化，而在真核生物细胞中则是RAD51等。RecA负责催化“链交换”，形成“交叉”，之后，可以利用其“分支迁移”催化活性稳固所建立的“交叉”，之后RuvAB的解旋酶活性可进一步促进“交叉”向纵深方向移动，形成更加稳固的“十字交叉”，RuvAB可"推动”Holliday交叉沿整个基因组分子移动（原核）。Holliday交叉又包括两种形式，一种是“十字交叉”，一种则是“T交叉”（Three-way Junction)。Holliday交叉必需得到精确的拆分，否则会妨碍DNA分子向子代细胞内的分配。人群中出现的染色体三体综合征就是因为在减数分裂同源重组过程中同源染色体之间形成的“交叉”没有被拆所致。这个过程被称为Non-disjunction。