洮河扁咽齿鱼国家级水产种质资源保护区总面积3289.4公顷，其中核心区面积2446.2公顷，实验区面积843.2公顷。核心区特别保护期为4月1日-8月31日。保护区位于甘肃省碌曲县境内，主要包括洮河在碌曲段流域面积及其支流。核心区位于李恰如牧场的莫尔仓至玛艾镇达尔宗以及西仓乡新寺至小阿拉、拉仁关乡则岔至西仓乡贡去乎，由三段组成：第一段从莫尔仓（102°10′5.88″E、34°17′32.51″N）开始到玛艾镇达尔宗（102°27′43.24″E、34°36′39.32″N）结束，长119.2公里，沿途包括：科才曲石彭塘（102°14′31.98″E、34°37′48.02″N）至合青隆（102°20′36.99″E、34°36′30.05″N），长11.5公里、195.5公顷，代卜桑曲赛尔龙（102°9′38.41″E、34°30′0.83″N）至红科村汇入洮河点（102°17′6.03″E、34°33′37.30″N），长15.9公里、270.3公顷，周可河麦隆滩（102°16′32.35″E、34°21′27.86″N）至红科村汇入洮河点（102°14′15.26″E、34°28′24.67″N），长13.6公里、231.2公顷；第二段从西仓乡新寺（102°33′50.51″E， 34°33′54.85″N）开始到西仓乡小阿拉（102°37′13.13″E、34°32′33.52″N）结束，长6.7公里，面积为113.9公顷；第三段从则岔（102°40′47.33″E、34°21′2.65″N）开始至贡去乎（102°40′32.57″E、34°29′55.99″N）结束，长18.1公里，面积306公顷。实验区河流长49.6公里，面积843.2公顷，从碌曲县西仓乡小阿拉（102°37′13.13″E、34°32′33.52″N）开始到阿拉乡吾乎扎 （102°54′31.79″E、34°38′28.25″N）结束。主要保护对象为扁咽齿鱼，其他保护物种包括厚唇重唇鱼、裸裂尻鱼、花斑裸鲤、似鲶高原鳅、小眼高原鳅、硬刺高原鳅、黑体高原鳅、壮体高原鳅、水獭等。