亳州市交通局是主管公路和水路交通行业的部门，主要职责是：

（1）贯彻国家、省关于交通行业的发展战略和方针、政策，根据我市经济和社会发展需要，研究拟定全市公路、水路交通行业发展相关措施,并监督执行。

（2）根据省和我市发展的总体布局，拟定全市公路、水路交通行业发展规划、中长期计划和年度计划并监督组织实施；负责全市交通行业统计和信息引导。

（3）负责全市公路、水路交通运输行业管理；培育和管理交通运输市场，维护公路、水路交通运输行业的平等竞争；引导交通行业优化结构，协调发展；负责汽车出入境运输的管理；对关系国计民生的重点运输和紧急物资运输进行调控。

（4）负责全市交通基础设施建设、维护、管理和规费稽征及通行费的收支管理，监督交通基础设施建设资金的使用，组织重点交通工程建设实施；负责交通基础建设工程质量监督和交通工程定额管理。

（5）负责全市内河水上交通安全监督、船舶及水上设施检验、救助打捞工作；实施船舶代理、航道疏浚、港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理。

（6）负责全市汽车维修市场、汽车驾驶学校、驾驶员培训工作和营业性客、货运输站、场的行业管理；负责机动车辆技术管理及汽车综合性能检测站的行业管理。

（7）组织交通行业科技发展，推动行业技术进步。

（8）指导全市交通体制改革和交通职工队伍建设、行业精神文明建设。

（9）负责局机关及直属单位的人事、劳动工资、机构编制管理工作；按规定管理局直属单位的领导干部。

（10）负责全市公路、水路通行环境和通行条件的管理；在遇到防洪抗旱、抢险救灾、军事行动等紧急和其他特殊任务时，负责实施调动运输工具的命令。

（11）负责全市社会投资建设的车站、港口、码头的规划、立项和岸线使用管理审批上报工作；组织全市范围内公路、桥梁、车站、港口、码头工程项目建设过程中重要环节质量管理；指导市交通科技项目的成果鉴定、评审、评奖、推广工作。

（12）负责全市出租车行业的管理工作。

（13）负责全市交通战备工作。

（14）承办政府交办的其他事项。

亳州市交通局内设6个职能科室，分别是：办公室、人事教育科、运输法规科、综合计划科、财务科、工程科。

目前，亳州市交通局直属单位5个，分别是：亳州市公路管理局、亳州市公路运输管理处、亳州市县乡公路管理局、亳州市地方海事局、亳州市交通基本建设工程质量监督站。