自动指纹识别系统（Automatic Fingerprint Identification System，简称AFIS）通过特殊的光电转换设备和计算机图像处理技术，对活体指纹进行采集、分析和比对，可以自动、迅速、准确地鉴别出个人身份。一般可以分成"离线部分"和"在线部分"两个部分。其中离线部分包括用指纹采集仪采集指纹、提取出细节点、将细节点保存到数据库中形成指纹模板库等主要步骤。在线部分包括用指纹采集仪采集指纹、提取出细节点、然后将这些细节点与保存在数据库中模板细节点进行匹配，判断输入细节点与模板细节点是否来自同一个手指的指纹。

此计算机系统可扫描犯罪现场采集的指纹，并且与州、地区、国家之间执法机关采集的数百万指纹档案互相比对。指纹由专家追踪后，经计算机扫描，得到许多细节来和数据库里其它指纹比对，列出相符合的百分比来让鉴识人员得知可能的相符人选。任何计算机比对的结果，都会经指纹专家比较与此指纹相关的样本来验证。

AFIS与CODIS(Combined DNA index system 联合DNA索引系统)一样，在犯罪鉴证中鉴别嫌疑人身份过程中有举足轻重的作用，其结论均是可被采纳为直接证据的重要信息。