清代仍设兖州府，治滋阳，隶属山东省。据乾隆三十一年(1766)版《兖州府志》记载，兖州府辖一州十三县。 1913年废州府制，改道县制。撤销兖州府，府所在地改属济宁道。

1948年7月，滋阳县城区称兖州市，农村称滋阳县。同年12月，市县合并，称滋阳县，隶属尼山专署。1962年1月，滋阳与曲阜分治，滋阳县改称兖州县，隶属济宁专署。1984年4月进行行政体制改革，兖州县隶属济宁市，下辖十三区(镇)，三十七个乡，四个街道办事处，四个居民委员会。1990年兖州县辖五个镇八个乡。1992年9月19日，兖州县改称兖州市。1995年兖州市辖九镇四乡。2002年兖州市辖十镇和两个办事处。