转运肽（transit peptide)，是一种12~60个氨基酸残基的前导序列，它引导在细胞溶质中合成的蛋白质输入线粒体和叶绿体。这些肽通常富含碱性氨基酸，但几乎没有酸性氨基酸。苏氨酸和丝氨酸通常很常见。转运肽识别特殊膜蛋白，但本身不转移到靶细胞中，而是被肽酶切除。不同转运肽似乎没有保守序列。转运肽是在翻译后靶向目标的。一些线粒体和质体蛋白没有这些可切除的N末端序列。靶中的路径似乎受羧基末端或蛋白质内部序列的影响。转运肽使若干蛋白质定位于细胞器膜中。之后细胞内蛋白质在叶绿体侣伴蛋白60的帮助下折叠。