百度搜索结果含有大量的“竞价排名”，也就是企业付款买下的广告。这些广告链接和真实搜索结果混杂在一起，除了下方有一个极小的“推广”加以标注外，没有其他区别，用户往往被蒙骗误认其为搜索结果；而且广告在其中排名非常靠前。曾有用户举报有一段时间在百度上搜索“玻璃”，前七页全部是广告。在遭到网民抗议后百度有所收敛，但其首页广告数在各搜索引擎中仍遥遥领先。直到今天，在百度中搜索各种癌症的名称，所得结果的第一页仍都全是广告。2008年11月3日，由河北省政府办公厅主办的“中国河北”网也被爆出参加了百度的竞价排名，在百度搜索关键词“政府网站”，出来的结果是“中国河北”网排名第一，引来各方质疑。有媒体报道引述相关人士消息称，百度是谁给的钱多就排名靠前，谁给的钱少就靠后，不给钱就可能会受到屏蔽。反百度联盟发起人郭振东在与百度上海公司员工的联络中获悉，只要交6000元就能将被封的网站解禁，并承诺在一年内不再屏蔽。然而，其在中国大陆最大的竞争对手Google是以全自动的搜索方法排除了人为因素对搜索结果的影响，不接受付费的竞价排名，亦不出售搜索结果中的排序位置，而是依照点击人气、质量等因素进行综合排列。投放在Google的广告（含谷歌中国），只会出现在搜索页面的右边或者顶部的独立区域，并且用竖线、底色与其它的自然搜索结果明显地区别开来和加上“赞助商链接”（“Sponsored Links”）的标识。另外，这些“广告”也不是纯粹根据广告主出价来排序，还会考虑到该广告对用户搜索词的相关度，不是出价最高就一定是排在第一。

2008年9月8日，淘宝网以“为杜绝不良商家欺诈”为由，宣布全面屏蔽百度搜索的链接，对其公正性提出抗议。淘宝称，2007年淘宝网投放的百度竞价排名点击转化率不足1个百分点，而淘宝商家自行投放的百度竞价导流，需要上万次点击，花费近3000元人民币才能通过百度构成一次交易。