国民政府迁都重庆后，1938年，国民政府军事委员会调查统计局(简称军统局)也由武汉迁重庆，先是在城内择地办公，后因受日机轰炸的影响，特别是1939年的“五三、五四”大轰炸，城区精华付之一炬，国民政府及所属各机关纷纷向郊外迁移，军统局也以“军事委员会战地服务团”的名义，在重庆西北郊歌乐山下缫丝厂附近征占民地，建立军统局乡下办事处。1941年7月，军统局本部迁至缫丝厂办公。

1941年12月太平洋战争暴发后，世界反法西斯统一战线建立。美国海军方面为收集日本的军事、气象情报，决定与军统局合作。1943年4月15日，中美双方签订关于建立“中美特种技术合作所”的协定，其主要内容为：中美两国为早日战胜共同的敌人，愿意进行有关对日作战情报的交换与心理作战宣传，以及在敌占区进行游击破坏等方面的合作。并规定对日作战一旦胜利，中美合作所即告结束。7月1日，“中美特种技术合作所”(简称“中美合作所”)正式在重庆西郊的磁器口成立，由军统局局长戴笠任主任，美国海军中校梅乐斯为副主任，下设办公室并通过办公室统率下的内勤、外勤两大部门进行情报、气象、电迅等方面的合作，同时由美方帮助军统局训练特务人员。

1945年抗战胜利后，中美合作所按照协议结束，美方将其所有设施移交军统局。从此中美合作所成为神秘的“特区”，成为国民党反动派关押迫害革命者的人间魔窟，在约2平方公里的土地上设置了大大小小10余座监狱，其中的白公馆、渣滓洞，更被称为两口活棺材。集中关押着杨虎城、张学良、叶挺、罗世文、江竹筠等大批革命党人和进步人士。

1949年4月，人民解放军占领南京，国民党统治结束。11月，刘邓大军进军西南，进逼重庆，国民党反动派在溃败前夕，命令国民党特务从9月开始，分批屠杀狱中革命志士。9月6日，著名爱国将领杨虎城及秘书宋绮云等6人被杀害于松林坡；10月28日，陈然、王朴、成善谋等10人被杀害于大坪剧场；11月14日，蒋介石与毛人凤由台湾飞抵重庆，由毛人凤主持会议，执行蒋介石交代的屠杀、潜伏、游击、破坏四大任务。是日，江竹筠、李青林、齐亮等30人被枪杀于“中美合作所”电台岚垭。11月27日，重庆解放在即，国民党反动派在仓皇逃跑前，对囚禁在白公馆、渣滓洞等监狱的革命者进行了疯狂的大规模屠杀，许晓轩、谭沈明、刘国志等近200人被杀害。敌特还纵火焚烧了渣滓洞男牢房，制造了震惊中外的屠杀中共党员和爱国民主人士的重庆“一一.二七”大惨案。渣滓洞原为一小煤窑，因渣多煤少而得名。其后，军统逼死矿主，霸占煤窑设立看守所，分内外两院，外院为特务办公室、刑讯室等，内院一楼一底16间房间为男牢，另有两间平房为女牢。关押在此的有“六一”大逮捕案、“小民革”案、“挺进报”案、上下川东三次武装起义失败后被捕的革命者，如江竹筠、许建业、何雪松等，最多时达三百余人。1949年11月27日国民党特务在溃逃前夕策划了震惊中外的大屠杀，仅15人脱险。有文艺作品《烈火中永生》《红岩》《江姐》等以此为原型。