1984年，中国铁道科学研究院在改革开放的窗口城市深圳设立了分支机构，负责中国铁道科学研究院在华南地区的市场开发和业务管理，首先将岩土工程、爆破工程和桥梁隧道工程等优势专业引进深圳市场，先后承接了多项在国内工程界有重大影响的开拓性技术工作，为深圳的建设和发展作出了贡献。

1992年4月经深圳市人民政府批准成立了中国铁道部科学研究院深圳研究设计院。深圳研究设计院依托人才、设备和技术优势，结合自身特色，在深圳及华南地区进一步拓展了岩土工程、爆破工程、桥隧工程、道路工程、城市轨道交通等方面的设计、咨询、监理、试验检测和科研工作。目前我院具有建设部颁发的岩土工程勘察设计甲级和市政工程监理甲级资质，国土资源部颁发的地质灾害防治工程甲级、岩土工程测试、监测、检测乙级资质、广东省国土资源厅颁发的地质灾害勘查、设计、评估丙级资质以及其他专项资质10余项。