白水江重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区总面积22256公顷，其中核心区面积20934公顷，实验区面积1322公顷。核心区特别保护期为5月1日-9月30日。保护区位于甘肃省陇南市文县境内的白水江，范围在东经104°31′50″-105°24′28″，北纬32°36′08″- 32°21′17″之间，其北岸是马泉-水坝-横丹-蒿坪-马家沟北岸侧；其南岸是尹家坝-田家坝-纸坊-页头坝-大中山-齐心坝南岸侧。核心区有两处，第一处位于白水江干流尚德镇尹家坝至玉垒乡马家沟段，范围在东经104°29′37″- 105°23′55″，北纬32°38′56″- 32°21′14″之间 ；第二处位于白水江支流丹堡河纸坊村至丹堡河入白水江河口段，范围在东经104°30′47″- 104°34′48″，北纬32°29′05″- 32°32′56″之间。实验区有三处，第一处位于尚德镇白水江河湾水域，范围在东经104°29′37″-104°31′50″，北纬32°36′08″-32°38′56″之间；第二处位于玉垒乡马家沟村至尚德镇金口坝村核心区周边，范围在东经105°23′55″-105°24′28″，北纬32°21′14″-32°21′17″之间；第三处位于丹堡河核心区周边，范围在东经104°29′25″-104°30′47″，北纬32°28′48″-32°29′05″之间。主要保护对象为重口裂腹鱼，其他保护物种包括齐口裂腹鱼、裸裂尻鱼、赤眼鳟、多鳞铲颌鱼等土著鱼类。