中国少年军校总校是对少年儿童进行国防教育，思想道德和素质教育，领导、管理和服务全国基层少年军校建设的工作机构。

中国少年军校总校是1996年4月批准筹备，1999年1月正式成立的。中国少年军校总校的领导机构，是由共青团中央、全国少工委、国家教育部、解放军总政治部、国家国防教育办公室，以及国家公安部、武警部队等相关部门共同组成。原中共中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼国防部长迟浩田上将担任总校名誉校长并为总校题写校名。团中央书记处常务书记、全国少工委工作委员会主任赵勇任总校校长，两名常务副校长分别由一名团中央书记处书记和解放军总政治部群众工作办公室主任兼国家国防教育办公室主任担任。共青团中央少年部、国家国防教育办公室、国家教育部体卫艺司、国家公安部消防局和交通管理局、武装警察部队政治部群工部 、中国少年先锋队事业发展中心、中国少年军校总校房山基地各一名负责人担任总校副校长。中国少年军校总校设立办公室，负责少年军校日常工作，下设“示范校”管理办公室、培训部、联络部、活动部、用品部、财务部和基地办公室。

座落在北京西南郊的中国少年军校总校房山基地，占地100亩，总投资近三千万元，20000平米的建筑面积能一次接待3000人开展各种活动。基地依山傍水，环境优美，3万平方米训练场视野空旷，主体建筑外观犹如万里长城巍然耸立，内侧是一排排延安窑洞，极富传统教育内涵。总校基地有训练场、射击场、水上冲浪、军体器械、军事游戏、火炮射击、野外生存等训练设施和场地；有一支经过专业培训的教官队伍；同时建立了强有力的后勤服务保障体系。中国少年军校总校房山基地自创建以来，先后接待了北京市军训学生和全国各地前来参加各种国防主题教育活动的青少年已超过70万人次，是北京乃至全国青少年体验军营生活，学习国防知识，掌握军事技能，磨练意志品质，培养团队精神的理想场所。

中国少年军校总校自筹建以来，对全国少年军校工作的健康开展，发挥了重要的组织领导和管理服务作用。先后制定了《中国少年军校学员手册》、《中国少年军校训练大纲》、《中国少年军校总校章程》，统一了少年军校管理教育和军事训练等基本规范。统一了校服、校徽、校歌和识别标志等。编印下发了长篇报告文学《中国少年军校》、《军旗下的少年（光盘）》、《少年军校教育挂图》等教材；通过《少年军校工作简报》转发推广了一大批开展少年军校活动的先进典型经验。特别是总校组织开展的争创“全国少年军校示范校”活动，有力地推动了全国少年军校向管理规范化、训练标准化、活动制度化的“三化”建设目标前进的步伐。目前，全国达到“示范校”标准的少年军校已有 300多所。对于各地少年军校活动的蓬勃健康开展，发挥了很好的示范作用。

总校在管理基层少年军校建设的同时，承担了大量的理论研究、教职人员培训和大型活动举办等各种工作。总校举办的多项全国性活动，已经成为引起广大少年儿童高度关注并广泛参与的闻名全国的品牌活动。这些活动主要有：全国少年军校检阅式、百万少年进军校、全国少年军校生存技能大赛、全国少年军校艺术节、全国少年军事技能对抗赛、勇敢训练营、“鹰娃”迷彩少年快乐营等。 1984年，中国第一所少年军校在河南商丘诞生。时任国防部长的张爱萍上将欣然为其题写校名和题词："爱我中华、保卫祖国"。

1989年，团中央、全国少工委开始在全国亿万少年儿童中开展的"三热爱"（热爱中国共产党、热爱社会主义祖国、热爱中国人民解放军）教育活动，成为了全国少年军校活动的重要教育主题，有力地促进了全国少年军校的蓬勃兴起。

1992年7月29日，共青团中央、国家教委、全国双拥办公室决定对全国的11所先进少年军校和5个学军活动先进单位予以表彰。

1994年1月14日，团中央、全国少工委在全国少年儿童中启动"跨世纪中国少年雏鹰行动"；同年5月24日江泽民同志为"雏鹰行动"题词："自学、自理、自护、自强、自律，做社会主义事业的合格建设者和接班人"。"雏鹰行动"及江泽民同志题词，有力地推动了全国少年军校的继续发展。

1994年7月29日，共青团中央、国家教委决定对全国25所先进少年军校予以表彰。

1996年4月2日，为了适应全国少年军校的蓬勃发展，全国少工委作出《关于建立中国少年军校总校的决定》。

1996年6月11日-13日，全国少工委在北京召开第一次全国少年军校工作研讨会，来自28个省市的近80位部队、共青团、教育部门的少年军校工作者出席研讨。

1996年10月8日，由共青团中央、国家教委、解放军总政治部、全国少工委联合举办的全国首届少先队与解放军校手拉手少年军校成果汇报活动在北京举行；16省（区）的16所少年军（警）校代表队参加；中共中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼国防部长的迟浩田上将检阅了少年军校队伍。

汇报会上，还表彰了39所全国先进少年军校；少年军校学员代表向全国一亿三千万少先队员发出了开展"六个一"活动的《倡议书》。

1997年5月18日，占地近百亩、总投资3000万元的中国少年军校总校基地在北京市房山区青龙湖镇上万村动工兴建。

1998年11月26日，共青团中央、教育部、解放军总政治部、全国少工委决定对全国69所先进少年军校进行表彰，并首次表彰64名全国优秀少年军校工作者。

1999年1月25日，中国少年先锋队全国工作委员会批准正式成立中国少年军校总校。

1999年7月28日，第二届全国少年军校检阅式在中国少年军校总校举行；中共中央政治局委员、中央军委副主席、国务委员兼国防部长的迟浩田上将出席检阅式并讲话；来自全国18个省市自治区和香港特别行政区的23支少年军（警）校代表队参加。迟浩田上将亲自为总校揭牌。

2000年 4月25日，国务院法制办、中央军委法制局等单位领导前往中国少年军校总校基地视察，就起草《国防教育法》进行调研。

2000年11月28日-12月1日，由全国少工委、中国少年军校总校等方面召开的第二次全国少年军校工作研讨会在广西钦州召开，来自21个省、市、自治区的110位代表出席研讨。