1942年8月，中共中央西北局作出《对甘肃工作的决定》。《决定》指出：一般党员干部对“精干隐蔽，积蓄力量，长期埋伏，以待时机”的方针理解不深，思想比较混乱。要求迅速整顿甘肃党的工作。“为了有计划地整顿和推进甘肃的工作，决定重新建立甘肃工委……”“甘肃党应设法在宁夏、青海建立党的组织”。根据中共中央西北局这一决定，西北局民运部部长贾拓夫召集陈成义、李仰南开会传达了关于组织甘宁工委的指示。不久，中共甘宁工委在庆阳正式成立，书记孙作宾，委员陈成义、李仰南等。

中共甘宁工委成立后派李仰南、穆德彪到盐池和三段地调查了解宁夏情况。

1943年7月，因受康生所搞的“抢救失足者运动”的影响，诬陷甘肃地下党是“红旗党”，甘宁工委负责同志几乎都被隔离审查。甘宁工委的工作暂时由陇东地委统战部副部长朱敏负责。后来，朱敏也被隔离审查，刚刚打开局面的中共甘宁工委的工作被迫中断。

中共甘宁工委从成立到结束仅有几个月的时间，所做的工作也是有限的。但是，它认真总结了建立和发展地方党组织的经验教训，明确了今后的工作任务和方针，为后来党组织的工作提供了借鉴。