执行档型病毒会感染执行档（通常是指副档名为.com 或.exe 的文件）。这种病毒大部分都只是企图以感染其他主机程序的方式进行复制散播——不过有些会因为覆盖原始程序码而导致原始程序被破坏。这种病毒有一小部分非常具有破坏性，会在预设的时间企图将硬碟格式化或执行一些其他恶意动作。在许多情况下，执行档病毒可完全从中毒档案清除。如果病毒已经覆盖一部分程序码，则原始档案将无法复原。