浙江中医药博物馆开馆于2009年10月30日，坐落在浙江中医药大学23号楼四、五楼西侧，博物馆包括浙江中医药大学校史陈列馆、浙江医史馆和中药标本馆。校史陈列馆介绍了学校历史沿革；医史馆包括全国和浙江各地的医学通史；中药标本馆（一）主要为植物标本、矿物标本和动物标本；中药标本（二）主要分为为中药、中药材、中药饮片成方制剂和珍稀名贵药材，本馆该馆又以“浙八味”为原则，以“大、奇、美、特”为基础，不仅为教学提供资源服务，也让学生在学习《中药鉴定学》等课程时能做到理论与实际相结合。

整个博物馆收罗了与中医药有关的无数件珍宝，有些是校友捐赠，有些是外省博物馆赠送，也有些是学校师生一起上山下河采集回来的标本，集成现在的规模。

博物馆最有特色的是中药标本馆，其中有李大鹏院士捐出的一块有胡柚大小的雌雄同体的黄晶体。这是非常罕见的一块石头，一般雄黄和雌黄两种药材都是分开的，这一块雌雄同体，估计价值不菲。动物标本展区内，有一种鼯鼠，它的粪便是著名的中药材五灵脂，而旁边穿山甲的鳞片可助产妇通经、下乳，让在场参观的“外行”惊讶不已。

除此之外，虎骨、犀角、羚羊角这些如今罕见的中药材都是省内中医药专家很多年前的珍藏，如今都捐赠给了博物馆。目前博物馆共收藏名贵药材1800种，其中罕见的药材60余种。除了药材，博物馆还收藏了民间古老的中药方，展示了中药的制作过程以及浙江中医药的发展史。

浙江中医药博物馆对社会免费开放，是中医药教育基地，欢迎市民前来参观。