肇庆城东清真寺在端州区水师营路。根据寺内所存的“乾隆重修清真寺碑记”记载,该寺“创自唐宋”,但另有一说始建于明代,清康熙、乾隆、道光年间曾多次修葺、扩建。寺内宽阔,今仅存礼拜殿,殿内不设偶像,空无一物,体现出伊斯兰教的特色。据寺碑记载,清真寺数次重修,乃伊斯兰教入粤在肇庆留下的宝贵历史文化遗产,1984年被列为肇庆市文物保护单位。

城东清真寺与肇庆当地的教育息息相关。1946年,杨茂林阿訇在寺内开设经堂,次年在众长老倡议、资助下,在原学经班基础上创办肇庆私立清真小学。1949年以后,清真小学转为公立。

20世纪80年代后期,端州区人民政府落实民族宗教政策,将大殿以南1684平方米用地归还清真寺,并拨款将大殿改为钢筋混凝结构。

不过,城东清真寺真正投入使用是在2006年,肇庆市伊斯兰教协会耗资人民币60万余元,重建了阿訇住房、经堂、会议室、沐浴室、卫生间等,清真古寺投入使用。