巴县衙门是巴县县衙的俗称，古代的重庆城是三级衙门所在地，川东道、重庆府、巴县，尤其是巴县最为有名，抗战时迁移到现在的巴南区鱼洞。巴县是国内一等大县，属正七品，为皇帝任命。巴县始建于北周武成三年，巴县衙门驻地居高临险，倚山面江。明末清初，县衙曾被毁坏，清康熙六年巴县知县张栴在旧址上重建。清乾隆十六年，王尔鉴任知县时大兴土木，重建县衙，一座颇具规模的巴县衙门这才屹立于巴县城中。

清代的重庆府下辖有十几个州、县，巴县衙门就在重庆府城内，那时的重庆府城与巴县县城同为一城，都在今天的渝中半岛上，巴县衙门在重庆府衙的眼皮底下，巴县故得“首县”之名。后来清乾隆年间巴县知县王尔鉴重修巴县衙门.

最新事件：

巴县衙门旁边考古发现余玠帅府。

2010年5月22日，巴县衙门的老鼓楼遗址上，一座古代夯土高台建筑依稀可见昔日的雄伟气势，市文物考古所经过20多天的考古发掘及反复论证后，惊喜地向我们证实，这竟然是近800年前抗蒙山城体系的指挥所——南宋兵部尚书余玠的帅府所在地。

随着考古发掘，以及古籍记载余玠的帅府建于“金碧山下”等证据，经过我国知名考古专家前日的鉴定后，昨日，市考古所公布：这里就是他们一直苦苦寻找的，南宋挂任兵部尚书，也就是相当于现在国防部长的余玠的帅府。