《原住民族与台湾政府新的伙伴关系条约》最初是在1999年台湾地区领导人大选期间，由原运人士组织各族代表与当时的台湾地区领导人候选人陈水扁于兰屿所共同签订的历史性文件，内容包括七大项：

承认台湾原住民族之自然主权；

推动原住民族自治；

与台湾原住民族缔结土地条约；

恢复原住民族部落及山川传统名称；

恢复部落及民族传统领域土地；

恢复传统自然资源之使用、促进民族自主发展；

原住民族国会议员回归民族代表

此条约在陈水扁当选之后虽成为民进党当局在原住民相关政策的指导方针，但由于该条约签订当时陈水扁仍未具有“国家元首”身份，因此其法律效力遭受质疑。至2002年10月19日，陈水扁方以台湾当局领导人身份，透过原住民各族传统的缔约仪式，代表台湾当局与原住民族完成“新伙伴关系协定”再肯认的仪式，为该条约的签署提供更实质的效力。