元江鲤国家级水产种质资源保护区总面积600公顷，其中核心区面积为450公顷，实验区面积为150公顷。核心区保护期为1月1日-5月30日。保护区位于云南省元江水系的红河大桥至南四冲，全长40公里，范围在东经101°39′53-102°22′，北纬23°19′-23°55′之间。其东岸是红河大桥（101°57′25″E，23°38′13.88″N）-热水塘-划船寨-漫林-施垤-普漂-南四冲（102°11′53.70″E，23°27′50.57″N）。其西岸是：桥头（101°57′23.41″E，23°38′12.24″N）-琳琅-鱼种站-县城-小燕-都郎-南四冲（102°11′52.84″E，23°27′47.32″N）。核心区位于红河大桥至南巴冲，范围在东经101°57′24.34″-102°7′32.27″，北纬23°38′13.23″-23°31′19.89″之间。实验区位于南巴冲至南四冲，范围在东经102°7′32.27″-102°11′53.27″，北纬23°31′19.89″-23°27′48.95″之间。主要保护对象为元江鲤，其它保护物种包括罗非鱼、江鳅、甲鱼等。