高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”、“关东的名侦探”。一次在与青梅竹马的恋人毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。工藤新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX-4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到黑衣人如果知道他还活着，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是工藤新一化名为“江户川柯南”寄住在毛利兰的家中，本想借助其父亲毛利小五郎来找寻黑衣人，不料小五郎不但对其没有帮助，还是个冒失的迷糊侦探。所以发生案件后，柯南就用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让小五郎睡着，接着用蝴蝶结型变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多连警方都束手无策的案件。同时也结交了许多同伴，也一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子……

剧情

事情起源于柯南把平次叫到东京一边赏樱花一边跟平次讨论本堂瑛祐的事情，不料路上遇见了附近一个叫做升岳寺的修行僧传久，传久说，三天之前，来了一个头发很长的女的，死在了别院的榻榻米上，但是报警回来之后，尸体就消失了，平次和柯南调查之后，通过风车和被树叶掩盖的眼镜，成功的破解了案子。之后，收到邀请的平次带着柯南到一个无人岛参加日壳电视台主办的侦探甲子园活动，到了岛上之后，得知这个活动是个骗局，同时，假装成日壳电视台的导演被人绑到密室中昏迷，查看完现场之后，北部高中生侦探代表时津润哉表示自己已经破解了密室之谜，并要展示给大家看。在等待过程中，时津被人杀害，柯南通过一系列细节，率先判断出凶手是越水，然而平次在判断错误之后很快纠正思想，通过“诬陷”这里负责饮食起居的甲谷先生而引诱越水出现破绽，从而抓住真凶。于此同时，得知整个活动是场骗局的毛利小五郎一行正四处打听消息，寻求帮助，和叶破解了平次留下的暗号，带船来到无人岛接平次一行人.......