有机香菇是指来自于有机食用菌生产体系，根据国内或国际有机食用菌生产技术标准生产出来的，经独立的有机食品认证机构认证，允许使用有机食品标志的香菇。有机香菇的整个生产过程中都必须按照有机农业的生产方式进行，也就是在整个生产过程中必须严格遵守有机食品的生产技术标准，即生产过程中完全不使用化肥、农药、生长调节剂等人工合成的化学物质，不使用基因工程技术及产品，同时还必须经过独立的有机食品认证机构全过程的质量控制和审查。香菇发源地庆元有许多生产销售有机香菇的公司,如浙江百兴食品有限公司等.

很多人认为，有机香菇就是最高品质的香菇产品，这种观点不是十分全面，因为有机香菇生产不但要求高品质，还要求注重整个生产过程，在整个有机香菇生产活动中，要做到保护环境，有利于建立和恢复生态系统良性循环。在菌种方面，有机香菇的生产还要求，有机食用菌企业所生产的品种，须经该品种所有权人的同意认可。由此笔者认为，有机香菇生产除严格的技术标准以外，还有二个人为的理念，一个是生态的理念；一个是法律理念。例如某家有机香菇生产企业，为获取大量的栽培原料（木碎片），不惜以砍伐树木，破坏森林生态为代价，这样的企业肯定得不到有机食品认证机构的认证，其产品质量再高再好，也不能使用有机食品标志出售产品。